В современных социально-экономических условиях развития здравоохранения одним из актуальных вопросов хозяйствования экономических субъектов является вопрос эффективного управления материально-техническими, трудовыми и финансовыми ресурсами. Без независимой и объективной оценки финансово-экономической деятельности, а так же разработки мероприятий по устранению выявленных ошибок и нарушений эффективное управление медицинским учреждением на сегодняшний день не представляется возможным. Таким образом, организация службы финансового аудита в медицинских учреждениях носит актуальный характер. В статье рассмотрены основные принципы, формы, особенности организации службы внутриучрежденческого финансово-экономического аудита в медицинском учреждении, а так же представлены первые результаты функционирования отдела финансовой и экономической экспертизы в НПЦ «Бонум».