Процесс управления системным объектом предполагает следование основополагающим системным принципам, в том числе принципам единообразия и иерархии в системе. В статье проанализированы понятийный аппарат и иерархическая структура системы лекарственных формуляров (перечней) Программ государственных гарантий. Дан прогноз результатам при нарушении системных принципов в управлении таким сложным системным объектом как лекарственная помощь Программ государственных гарантий бесплатного оказания медицинской помощи гражданам Российской Федерации.