Актуальным направлением совершенствования качества клинической практики является разработка программных продуктов для поддержки принятия решений при выборе медицинских воздействий. Методология организации клинического информационного пространства и континуума в рамках программного продукта «ЭПОС» (Электронная Пациент - Ориентированная Система), основана на принципах математической координации предметов и явлений. Представлена методология систематизации клинических событий/ситуаций. Разработаны справочники основных терминов и понятий, применяемых в рамках программного продукта. Определена мерность «квантизации» информационных векторов. Сформирована база – знаний для клинических ситуаций, подлежащих мониторингу в НПЦ «Бонум». Анализ клинических результатов применения протоколов, разработанных в соответствии с предложенной методологией, свидетельствует о положительном влиянии их использования для целей совершенствования качества клинической практики.